UEFA Intertoto Kupası, UEFA’nın en eski organizasyonlarının başında gelmekteydi. Öyle ki bu organizasyon Kupa Galipleri Kupası’ndan hemen sonra gelen ve bu kupayı besleyen bir turnuva mahiyetindeydi. UEFA Kupası’na günümüzdeki adıyla UEFA Avrupa Ligi’ne katılamayan kulüplerin bir eleme oynaması ile bu turnuvaya katılmasına yönelik bir futbol turnuvası idi.
UEFA 2008 yılında bu turnuvayı son kez düzenlemiş ve gelecek yıllarda bu turnuvanın artık düzenlenmeyeceğini ve onun yerine en başarılı 4 ülkenin takımlarının doğrudan UEFA Kupası’nın ön eleme turuna katılacağını açıklamıştır.
Intertoto Kupası’nda eleme usulü söz konusuydu. Takımlar seri başı ve seri başı olmayanlar şeklinde potlara ya da Türkçe ifadesiyle torbalara ayrılıyordu ve aynı ülkelerin takımlarının birbirleriyle eşleşmemesi koşuluyla bir seri başı takımla seri başı olmayan takım eşleşmesi yapılıyordu. İki turlu bir eleminasyon sistemi öngörülüyor ve bu iki eleme turunu geçen kulüplere UEFA Kupası bileti veriliyordu. Eleminasyon turunda takımlar birbirleri ile iki maç yapıyorlardı.
Türkiye’den bu turnuvayı şampiyonlukla tamamlayan sadece bir takım bulunmaktadır bu da Kayserispor’dur. Kayserispor, Ertuğrul Sağlam yönetiminde 2006 yılında bu kupada Sopron (Macaristan), Larissa (Yunanistan) ve SK Tirana (Arnavutluk) takımlarını geride bırakıp her iki eleme turunu da başarıyla geçerek kupayı müzesine götürmüştür.
Bu kupa ayrıca ülkemizi temsil eden takımların UEFA organizasyonlarından almış olduğu son Avrupa Kupası’dır.
